En la versión más conocida del mito, Medusa era originalmente una hermosa mujer humana. Poseidón se enamoró de Medusa, y la sedujo (o violó) en un templo dedicado a Atenea. Ambos dioses eran rivales desde que compitieran por el patronazgo de Atenas y los habitantes de la ciudad prefiriesen el olivo de Atenea a la fuente o los caballos de Poseidón.
Tras descubrir la profanación de su templo, Atenea transformó a Medusa hasta tener la forma de sus dos hermanas. Algunas versiones dicen que fue Afrodita quien, celosa de la cabellera de Medusa, la cambió por serpientes.
Próximamente el mito de Medusa Magdalena.